Nei secoli XII-XIII sono ricordati il Castello e il Borgo di Prugno, di diretto dominio dell'abbazia di S. Maria in Regola; questa località costituì pure una villa del contado imolese.
La Chiesa viene ricordata per la prima volta nel 1256 come rettoria dipendente dalla Pieve di Tossignano. Essa era situata in un luogo scosceso, su una rupe, come apprendiamo da un documento del 1427. Ancora nel 1573, durante la visita pastorale, il tempio viene trovato in ottime condizioni, mentre solo l'abside abbisognava di restauri in conseguenza dei danni arrecati dal Terremoto; le pareti della Chiesa erano affrescate con immagini sacre (restaurate poi nel 1599). La facciata venne fatta colorare di rosso, vennero poi aggiunti l'immagine del titolare e la croce sulla sommità. Ulteriori restauri risalgono al 1690, anno in cui la Chiesa è descritta di piccole dimensioni (misurava m. 7X5,27) con soffitto a travi e senza coro. Fino al XVII secolo vi era un solo altare, quello maggiore (restaurato nel 1599), sotto un arco affrescato con immagini sacre e chiuso da una balaustra in pietra; nel 1600 una tela raffigurante la Vergine con i Ss. Margherita e Carlo Borromeo sostituì gli affreschi. Anche questa tela venne a sua volta sostituita da un altro quadro, opera di Giacomo Zampa (1782), nel quale oltre al titolare era raffigurato anche l'arcangelo S. Michele. Un altare laterale, a destra, venne costruito per devozione di Lucrezia Poggi, nel 1666 in onore di S. Antonio da Padova, il cui quadro fu sostituito, nel 1764 da un'altra tela, opera del lughese Benedetto dal Buono. I resti di Lucrezia Poggi, sono conservati davanti all'altare, mentre nel centro della Chiesa vi è il sepolcreto comune e nel presbiterio quello dei sacerdoti. Ricordiamo poi che il cimitero sorgeva nel terreno circostante la Chiesa. Nella prima metà del XVIII secolo venne aggiunto l'altare laterale sinistro, intitolato a S. Giuseppe, nel cui quadro è raffigurata la fuga della Sacra Famiglia in Egitto. La chiesa attuale, orientata est-ovest, è stata restaurata e messa a volta nel 1876, mentre il coro, di forma semicircolare, è stato aggiunto nel 1907. La Chiesa è costruita in sasso a vista di varie dimensioni, raccolto nelle campagne, e poggia su tufo e arenaria. Il campanile è a vela e presenta due campane, di cui una datata 1452.
All'esterno della Chiesa ora è collocato un artistico presepio ispirato all'ambiente locale, in muratura varia, meta di molti visitatori nel periodo natalizio.